Sự tách biệt của Madagascar với các vùng đất khác trong suốt thời kỳ Đại Tân sinh đã dẫn đến sự tiến hóa của một lượng lớn các loài động vật đặc hữu và sự vắng mặt của nhiều loài sinh vật mà được tìm thấy trên các lục địa lân cận. Một số loài động vật của Madagascar dường như đang đại diện cho các dòng dõi sinh vật đã tồn tại kể từ sự tan rã của lục địa Gondwana, trong khi nhiều loài khác, bao gồm tất cả các loài động vật có vú bản địa không thân thuộc, là những hậu duệ của tổ tiên sống sót sau những chuyến đi vượt biển hoặc bơi lội hiếm hoi từ châu Phi (có thể được hỗ trợ bởi dòng chảy).[8][9] Tính đến năm 2012, quốc gia này còn có hơn 200 loài động vật có vú, trong đó có hơn 100 loài vượn cáo, khoảng 300 loài chim, hơn 260 loài bò sát và ít nhất 266 loài lưỡng cư. Hòn đảo này cũng có hệ động vật không xương sống phong phú bao gồm giun đất, côn trùng, nhện và động vật thân mềm không sống dưới nước.